元代京杭运河图引自安作璋《中国运河文化史》
元世祖至元十八年（1281年）至二十年（1283年）间，开凿自济州（治任城，今济宁）至安山的济州河，引汶、泗水为源，汇流至济州城西分流，南入泗、淮，北汇济水（又称大清河），全长75公里，南来漕船自淮溯泗，由此河出大清河至利津人海，转趋直沽。因仍有蹈海之险，后又改在东阿起岸，陆运100公里至临清，入于御河，以达京师。至元二十六年（1289年），根据寿张县尹韩仲晖、太史院令史边源等的建议，开凿了起自安山西南济州河，北经寿张、东昌（今聊城）至临清入御河的运河河道，全长125公里，元世祖赐名为“会通河”。自后江淮漕粮可由水路直抵直沽。但通州至大都一段仍需陆运，路虽不远，亦颇费力。至元二十九年（1292年），采用郭守敬的建议，引昌平白浮泉及西山诸泉水为源，经瓮山泊（今昆明湖），至和义门人大都城内，汇为积水潭（今什刹海），再循金代运粮河旧道，东至通州高丽庄入白河（今潞河），全长82公里，次年告成，命名为“通惠河”。至此，南起杭州、北抵大都的京杭大运河全线贯通。