第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：马克·杜普拉斯 切瓦特·埃加福 阿万·乔贾 谢拉赫·霍斯达尔 托比·哈格雷夫 雷娜特·赖因斯夫 卢基塔·麦克斯韦尔 芬恩·本尼特 米拉尼亚·克尔 菲利普·格兰杰 帕特里克·贝纳姆
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演员：尼古拉斯·加利齐纳 卡米拉·门德斯 伊德瑞斯·艾尔巴 杰瑞德·莱托 夏洛特·莱利 詹姆斯·鲍弗 莫蕾娜·巴卡琳 爱丽森·布里 克里斯汀·韦格 约翰内斯·豪克尔·约翰内森 阿尔蒂·威尔金森-亨特 萨希尔·泽玛塔 马克斯·克劳斯 科乔·阿塔 山姆·C·威尔逊 哈夫托尔·尤利乌斯·比约恩松 埃尔·法瑞尔 詹姆斯·威尔金森 Jon Xue Zhang 斯蒂芬·阿登坦
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