明代漕船在兑粮完毕之后，即编“帮”起运。“帮”是漕船编队，每帮设有领帮官员。运船编帮次的原则是每卫为一“帮”；船多的卫也可分为几帮。各“帮”内部，则实行编“甲”制。“甲”是明代漕船编队的基层单位，五船为一甲。每船配运丁10人，每人每次额定运正米37石。每船设“旗甲”1人作为船长，另设“纲司”1人“专掌本船钱粮，兑领交纳”并置“文薄”以备“稽考”，每年更换一次。此外，还设“拦头”、“扶柁”各1人。每只船置一块“圆牌”，牌上写明本船10名运军的姓名，由旗甲悬带。每五船编为一“甲”，在5名旗甲中选1名“有才力者”充当“甲长”。每五船另置一牌，上书写四船旗甲之“年貌”， 由甲长悬带。如有一船在途中出险或出现“盗卖”漕粮的情况，则其余四船旗甲“连坐”。如有运丁告发属实，由所在上司赏银五两，免其五年出运。万历（1573—1620）以后，运船编制采取新的办法，即漕船过淮后，随到随编，以20只为一甲，总给一牌，每日二船轮值为“甲长”。如一船失事，本甲余其余船丁连坐。
　　“连坐法”是明代管理运丁的一种长期措施，统治者认为实行这种制度，一是有利于五船相助，以确保粮船顺利航行；二是可以监督本甲运军，预防途中盗卖作弊。
　　据《漕乘?卷3》记载，漕船编队是严格按照“甲不得过帮，帮不得过卫，卫不得过总”的原则进行的。就是说，漕船沿途运行，是由“把总”统帅属下若干“卫”，“卫”统帅属下若干“帮”，“帮”统帅属下若干“甲”。在运河航行时，必须严格按照上述编队次序航行，不得越队而过。若发生不测事故，“剩四船则为一甲，剩三船则分附各甲之下”。沿途各总漕船由各级运官分别统辖，以加强管理，保证漕船安全抵达京、通二仓。
　
　　清代每只漕船编配旗丁10人，以后又改为由2名运丁领运，雇佣民间水手、舵工9人，并采用10船连保制，即一船出险，其余9船连坐的办法管理。雍正四年（1726），因江南漕船体大，特别规定江南安庆前、后两帮，每船17丁；江淮兴武卫18帮，每船12丁，其余各省仍遵循旧制。
　　清代每帮运船一般为30至60余只，最多的达90余只。如雍正朝江西共有漕船929只，编为14帮，平均每帮66只。浙江嘉兴帮船额设49只，杭州卫头帮额设55只，而扬州卫第三帮最多达船96只；最少的如天津所帮只有船17只
　　[1] 咸丰《户部则例》。参阅李文治、江太新《清代漕运》第195页，中华书局1995年11月出版。