通州坐拥京杭大运河北起点这交通要塞，自古便是商业贸易往来频繁的口岸，为供当时从事牛羊贸易的回族住户和往来客商沐浴参礼，便有了通州南街的这座清真寺的前身——通州朝真寺。

　　历经700多年风雨的历史古寺
　　通州的这座清真寺是始建于元代延佑年间(1313-1320年)，原名通州礼拜寺、朝真寺，坐落在当时的牛市口，也就是现在的南街回民胡同。
　　因为当时这里属于通州城南垣中段外侧，又因当时的首都中都、大都先后设于燕京蓟城，当时通州的潞河得到开竣，为大运河的起首河道，因此一大批信仰伊斯兰教的人从事与运河相关的工作，时间一长便定居下来，为了满足当地穆斯林的需求，便建了这座寺，命名为“朝真寺”。

　　后在明正德十四年（1519）和万历二十一年（1593）分别重修，并改名为清真寺。
　　清康熙年间，圣祖康熙爷曾经来到这里，并书写“万寿无疆”的大木匾。
　　四十七年（1708），又增建礼拜殿敞轩两侧入殿的过道亭。
　　道光年间（1821-1850），为办“义学”又增建了房舍，又历经了光绪和民国的两次增修。
　　但在1933年春，日军侵入通州，炸毁一部分清真寺建筑，又历经修复后开办了清真寺大学。
　　解放前曾在寺内开设穆光小学校，教授回民子女，解放后改名为“回民小学”。
　　在1959年被列为通州区文物保护单位。
　　在文革期间，清真寺作为通县残疾人福利厂后，破环严重，仅保留礼拜殿、北教长室、北讲市及北跨院。
　　直到1982年才迁出工厂，恢复宗教活动，并于1995年成为北京市文物保护单位。
　　规模大于牛街清真寺
　　通州的这座清真寺占地面积十余亩，且布局严谨，主体建筑形制恢宏，顶式多样。
　　整座寺东、南、北都开有门，寺局分成三路，南路以伙房、水房办公区为主；中路即是清真寺的中心，前有山门、影壁，其后是邦克楼，两侧还设有夹墙门。邦克楼后便是礼拜殿，殿后是望月楼。北路是阿訇的住殿，阿訇住院的西边是穆斯林办事殿房。

　　历史文化碑刻
　　寺内现存四处石刻古迹，其中年代最久远的当属明正德十四年的一个记碑，但因年代太过久远，字迹被风雨侵蚀严重，大部门字已经无法辨认，少量可以辨认出来的被人为修复，现在嵌在寺中墙上，用玻璃罩住。
　　另一个是捐产记碑，是艾叶青石制成，方首方座，高两米多，刻有浮雕祥云，上边刻有“万古流芳”四个大字，下边正文落款中华民国二十年十月立，同样是嵌在北跨院西厢房南面墙上。

　　除了石刻，寺内还有散落的影壁石刻等，都有一定的历史文化价值，其中有一个文革期间拆除的礼拜殿望月楼的琉璃宝顶，造型精美，上面纹刻清晰，只是因为年代较久，有些陈旧了，但是依稀能想象到古寺曾经的精致。
　　通州南街清真寺是大运河北端回民聚居众多的历史见证，是通州大运河文化的重要载体，如今经过修缮，这座清真寺伫立在南街，继续见证着这片土地发展.......